Les communes du département de Loire-Atlantique sont associées, aujourd’hui, au sein d’intercommunalités. Des schémas de cohérence territoriale regroupant plusieurs intercommunalités sont en cours d’étude ou ont été adoptés. L’Agence, initialement centrée sur l’agglomération nantaise, a accompagné ces évolutions en développant des relations étroites avec le département, les différentes structures de coopération intercommunale et leurs communes membres.

Ce territoire couvre 106 communes, 13 intercommunalités, 880 000 habitants sont concernés (76% de la population de Loire-Atlantique) sur 3 367 km2. Naturellement, la nécessaire cohérence des territoires impose de s'intéresser, selon les thématiques abordées, à des périmètres multiples (aires urbaine, Département). Les échelles de travail vont de l'infracommunal à l'intercommunal, mais, d'autres échelles sont utilisées afin de mieux cadrer et positionner la situation locale. Des analyses comparatives entre métropoles françaises et même européennes sont également réalisées.